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暗号文の解読を強要され、弁護士・伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。